【解析】在总体复核阶段，注册会计师应当使用分析程序（选项A正确）。在总体复核阶段实施的分析程序主要在于强调并解释财务报表项目自上个会计期间以来发生的重大变化，以证实财务报表中列报的所有信息与注册会计师对被审计单位及其环境的了解一致，与注册会计师取得的审计证据一致（选项D正确）。因此，两者的主要差别在于实施分析程序的时间和重点不同，以及所取得的数据的数量和质量不同（选项B正确）。在运用分析程序进行总体复核时，如果识别出以前未识别的重大错报风险，注册会计师应当重新考虑对全部或部分各类交易、账户余额和披露评估的风险是否恰当，并在此基础上重新评价之前计划的审计程序是否充分，是否有必要追加审计程序（选项C正确）。