A: 冲减库存股1000万元
B: 冲减股本1000万元,冲减资本公积4000万元
C: 冲减股本1000万元,冲减资本公积3000万元
D: 冲减库存股2000万元,冲减资本公积4000万元
【考点】资本公积
【解题思路】掌握回购股票的处理。
【具体解析】回购股票支付的款项=5×1000=5000(万元),计入库存股,注销时冲减股本1000万元,冲减资本公积4000万元,选项B正确。