可以，中级经济师可以抵扣个人所得税。根据个人所得税法规定，纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育的支出，在取得相关证书的当年，按照3600元定额扣除。因此，中级经济师在取得相关证书的当年，可以按照3600元的标准抵扣个人所得税。
根据相关规定，自2019年1月1日起个人所得税增加附加扣除项，拥有经济师证书的可以享受这一福利。经济师申报时可以选择继续教育下“职业资格继续育”进行申报扣税。
2019年1月1日起个人所得税增加了附加扣除项，新版《个人所得税法》正式实施。其中，拿到经济师资格证书的小伙伴可以选择“继续教育”进行申报扣税。要求如下：
1.学历(学位)继续教育：400元/月
纳税人在中国境内接受学历(学位)继续教育的支出，在学历(学位)教育期间按照每月400元定额扣除。同一学历(学位)继续教育的扣除期限不能超过48个月。个人接受本科及以下学历(学位)继续教育，可以选择由其父母扣除，也可以选择由本人扣除。
2.职业资格继续教育：3600元/年(年度汇算清缴)
纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育的支出，在取得相关证书的当年，按照3600元定额扣除。
从上述内容可知，经济师属于第(2)项，可在取得证书的当年，按照3600元抵扣个税。另外，2019年12月31日，国家税务总局发布《关于办理2019年度个人所得税综合所得汇算清缴事项的公告》，提到纳税人在2019年度未申报享受“继续教育”专项附加扣除的，可以在年度汇算期间(2020年3月1日-6月30日)办理扣除。
