合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的合伙企业经营所得属于经营所得。经营所得，以每一年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。取得经营所得的个人没有综合所得的，计算其每一年度的应纳税所得额时，应当减除60000元、专项扣除、专项附加扣除及依法确定的其他扣除。综上所述，张三取得的来源于境内注册的合伙企业的经营所得属于应缴纳个人所得税的经营所得。由于张三已经在综合收入中扣除了60000元的费用，因此经营所得60000元要全额纳税。在个人所得税税率表中，经营所得60000元，对应的税率是不超过30000元的税率5%、超过30000元至90000元的税率10%。因此，张三经营所得应缴纳的个人所得税是：30000×5%+（60000－30000）×10%=4500（元）。