在职硕士和同等学力硕士两者在概念、入学方式、获得证书等方面各不相同。
一、概念范围不同
在职硕士：此类硕士可以在职学习，包括同等学力硕士、非全日制硕士、国际硕士、中外合办多种报考方式。
同等学力硕士：是指同等学力申硕，属于在职硕士的一种报考类型。
二、入学情况不同
在职硕士：此类硕士有考试入学，有免联考入学的，也有免试入学的。其中全日制方式入学需要依次参加国家统一初试及院校复试，由院校择优录取；国际硕士、中外合办入学可免联考，实行申请审核制入学方式。
同等学力硕士：此方式是符合条件者，通过院校资格审核可免试入学，先学习课程再参加国家统一的申硕考试。
三、所获证书不同
在职硕士：此类硕士有获得双证的也有获得单证的。其中非全日制方式毕业可获得国家承认的研究生学历和硕士学位双证书，而国际硕士、中外合办毕业获得国外院校颁发的硕士学位证书。
同等学力硕士：此方式学员申硕考试成绩及格，并通过论文答辩，可获得国家承认的硕士学位证书。
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