1、迟到扣钱，按照实发工资计提：

　　借：管理费用——员工工资（根据所属部门计入相关科目）

　　　　贷：应付职工薪酬——应付职工工资（未扣钱工资）

　　2、实际发放时：

　　借：应付职工薪酬——应付职工工资（未扣钱工资）

　　　　贷：银行存款（或库存现金科目）

　　员工迟到扣钱，应当通过“管理费用”等科目以及“应付职工薪酬”等科目核算。管理费用是指企业行政管理部门为组织和管理生产经营活动而发生的各种费用。应付职工薪酬是企业根据有关规定应付给职工的各种薪酬。企业当月按照实发工资发放，下月按照扣除后金额发放工资。

扣款会计分录
考勤扣款