发票交叉稽核子系统是一套对增值税专用发票、公路内河运输发票、机动车销售统一发票的记账联和抵扣联比对的税务系统，该系统是“金税工程”的重要组成部分。
发票交叉稽核子系统的原理是将购货方所取得的抵扣联和销货方的存根联的主要内容录入计算机交叉稽核系统，系统将自动在全国范围内对每一笔经济业务的抵扣联和存根联进行查找配对，检查出只有抵扣联而没有存根联，或只有存根联而没有抵扣联，以及抵扣联与存根联内容不相符的增值税专用发票，然后对这些增值税专用发票进行检查核实，实现对利用增值税专用发票进行偷税、骗税等违法犯罪活动的控制。
