公司治理审计的主要内容包括治理环境审计、治理流程审计和治理程序审计。具体如下：
1、公司治理审计应当首先评价企业的治理环境，包括董事会结构、企业文化和道德规范、审计委员会的活动等，优越的治理环境为良好的公司治理提供基础的文化、框架和政策；
2、治理流程是指支持治理环境的特定活动，包括舞弊控制和报告流程、薪酬政策和相关流程、财务治理流程等等，它们构成了治理程序的基础；
3、治理程序是指那些对治理活动的执行和操作十分关键的特定程序，包括内部和外部治理报告程序、治理事项的上报和追踪程序等等，它们是公司治理的具体实践。
