绩效审计的程序有以下四个阶段：
1、制定审计项目计划阶段：由审计机关自主确定审计项目，或由上级审计机关授权项目，以及政府、人大等部门的指令项目；
2、审计准备阶段：主要工作包括审前调查、编制审计实施方案、制发审计通知书等；
3、审计实施阶段：主要有三个步骤，即收集审计证据、分析评估审计证据并得出审计结论、找出需要改进的地方并初步形成审计建议；
4、审计终结阶段：审计人员在审计证据分析评价的基础上，形成了审计结论，按照准则的要求编写绩效审计报告。
绩效审计是对被审计单位经济活动的经济性、效率性和效果性所进行的审计。
