建设项目竣工决算审计的问题包括违反定额规定，高套、错套定额或费率，多计工程费，违反工程量计算规则，重算、多算工程量，不扣减未施工的工程量，利用“不均衡报价”的手段，借以调整合同包干价，以记录失误为借口冒算工程量，混淆设计变更和施工方案变更，达到多计结算数额的目的等。
针对以上问题，相关对策包括加强对建设项目相关资料的收集、整理、对比、分析工作，与相关建设项目管理部门配合，做好项目送审前的初审工作，多深入现场，对相关变更签证事项进行核实，充分利用审计的预警作用，建立施工单位“诚信档案”，加强与诚实守信单位的合作等。
