环境绩效审计存在的问题有：
1、理论研究滞后。环境绩效审计理论的研究学者少，研究方法不系统，研究手段单一，企业的重视程度也比较低；
2、缺少法规支持。环境绩效审计较为特殊、复杂。我国现有的环境保护法律和资源保护法律都不能具体指导审计工作的有效开展；
3、缺乏环境会计制度。现行会计理论和制度不能反映和监督资源损耗的环境成本，更没有与环保相关经济活动记录、计量的具体标准；
4、管理部门权责不清。审计机关具有审查环境管理的权力，但无法审查环保机构、环境法规等隶属于环保部门管理的内容；
5、缺乏环保领域知识。审计人员空有财审知识，却欠缺环境管理、环境经济评价等相关领域的专业知识。
