反腐败审计与财经法规审计的区别体现为，反腐败审计强调的是在事前、事中、事后的全过程检查中的防范作用，是一种常规性的审计。财经法规审计一般是在违法违纪行为发生以后进行的事后审计，常常表现为一种不定期的审计和临时性的审计。
反腐败审计是通过审计的手段和方法对国家公职人员的一切腐败行为进行打击和遏制，以达到实现廉洁的目的，从而维护社会经济秩序的正常运行的活动。财经法规审计是对国家政府机关和企事业单位严重违反财经法纪行为所进行的专案审计，重点审查和揭露各种舞弊、侵占国家资财的事项，审查和揭露使国家和集体财产造成重大损失浪费的各种失职渎职行为。
