大股东占款的深层次原因如下：

　　1、公司治理结构的缺陷。

　　2、过度“包装”上市导致先天“缺陷”。

　　3、上市公司“内部人”控制问题严重。

　　4、上市公司的董事会功能不够完善。

　　5、上市公司“经营”利润的需要。

　　6、缺乏相关法律法规，监管不严，监管制度存在漏洞。

　　大股东占款，容易对上市公司的正常经营产生影响，将部分上市公司推到退市或破产的边缘，还可能影响到证券市场功能与效率的正常发挥，危及股市安全，加大证券市场的系统性风险。