支票发票不符说明企业实际发生的交易事项存在虚假的可能性，该发票会受到主管税务机关的稽查，同时主管税务机关会对稽查后不合规的发票要求企业进行作废或红字冲销，以及根据实际情况要求企业进行处理。由于发票的开具和接受是反映企业交易事项真实性的依据之一，因此企业所收到或所开出的支票金额应当与发票上的金额一致，以证明企业未存在虚假经营的行为。同时企业在开具发票后应及时同步上传发票信息，并在规定的期间内及时完成增值税的纳税申报。

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