内部控制的固有局限性在于，内部控制无论如何有效，都只能为被审计单位实现财务报告目标提供合理保证。内部控制实现目标的可能性受其固有限制的影响。影响具体包括：
1、在决策时人为判断可能出现错误和因人为失误而导致内部控制失效。如控制的设计和修改可能存在失误、控制的运行可能无效等；
2、控制可能由于两个或更多的人员串通或管理层不当地凌驾于内部控制之上而被规避。如管理层可能与客户签订“背后协议”，修改标准的销售合同条款和条件，从而导致不适当的收入确认等。
此外，如果被审计单位内部行使控制职能的人员素质不适应岗位要求，也会影响内部控制功能的正常发挥。被审计单位实施内部控制的成本效益问题也会影响其效能。内部控制一般都是针对经常而重复发生的业务设置的，如果出现不经常发生或未预计到的业务，原有控制就可能不适用。
