应收账款审计方法的缺陷分析有以下三个方面：
1、函证法。被审企业不愿意在函证函上盖章。发出函证函时需要被审计企业在函证函上签字盖章，以证明该函证函是因审计需要而向被函证第三方发出的。函证函回率低。不能规避被审计企业在函证中的串通舞弊行为；
2、账龄分析法。进行账龄分析时，没有认定所得到的明细表是否真实可靠，是否为被审计企业的有效债权。注册会计师进行账龄分析时，并未就被审计企业应收账款债务人进行相关分析，以保证该笔应收账款可收回；
3、内部控制“绩效审计”缺失问题。在审计实务中，因为审计成本等各方面原因，审计人员通常会忽视对被审计单位应收账款进行经济性、效率性、和效益型的“绩效审计”。
