1、定义不同，小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。小型微利企业是指从事国家非限制和禁止行业，且同时符合年度应纳税所得额不超过300万元、从业人数不超过300人、资产总额不超过5000万元等三个条件的企业；
2、税收优惠政策不同，小规模纳纳税人销售额未达到国务院财政、税务主管部门规定的增值税起征点的，免征增值税;达到起征点的，全额计算缴纳增值税。对月销售额15万元以下（含本数）的增值税小规模纳税人，免征增值税。对小型微利企业年应纳税所得额超过100万元但不超过300万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
3、计税方式不同，小规模纳税人销售货物或者应税劳务，实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法，小型微利企业企业所得税是按照应纳所得额乘以税率来计算的。
