抵扣增值税与企业所得税的区别在于两者性质的不同，抵扣增值税是一项操作，指满足条件的一般纳税人在取得增值税进项税额发票后，用于抵扣当期增值税销项税额以降低当期增值税税负的行为。企业所得税属于税种的类别，是对我国境内的企业和其他取得收入的组织的生产经营所得和其他所得征收的一种税。
用于抵扣的增值税进项税额一般与企业所得税的计算无关，不过企业需要注意，根据《财政部、国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》规定，企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。
财政性资金包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款。在计入当年收入总额后需要用于企业所得税的计算。
