潜成本理论应用中应注意以下问题：
1、在企业成本管理的思维要有突破。坚持创新，努力加大创新投入。
2、我国企业生产力水平多层次，知识型企业和传统企业并存，不能因为强调潜成本对价格和利润的拉升作用，而忽视了显现成本应有的降本增效的作用。
3、由于潜成本不是一次性投入，而是由企业长期不断投入而生成的。所以反映在利润的增长上，则遵守着量变质变的法则。
4、潜成本具有虚拟性、亲性化的特点，对潜成本投入的决策所承担的风险确实要大于显现成本投入的风险。投入正确则可能获得出乎预料的高收益，投入不当则可能导致事业惨败。
