【解析】

选项A：公益性捐赠支出税前扣除限额=2000×12%=240（万元），实际发生捐赠200万元没有超过扣除限额，准予全额扣除；

选项B：职工福利费税前扣除限额=1500×14%=210（万元），实际发生160万元没有超过扣除限额，准予全额扣除；

选项C：职工教育经费税前扣除限额=1500×2.5%=37.5（万元），实际发生40万元，超过了扣除限额，不能全额扣除；

选项D：2012年7月至2013年6月期间的厂房租金支出50万元，应按规定分别在2012年和2013年扣除，不能全部在2012年的企业所得税前扣除。