母子公司是分别具有独立法人资格的实体，存在控股的关系；总分公司并非各自独立的实体，分公司完全受控于总公司，两者还是存在本质的不同。
1、关系不同：母子公司之间是投资人与被投资人的关系，母公司是子公司的实际控制人；而分公司是总公司的分支机构，隶属于总公司；
2、法律地位不同：子公司具有独立的主体资格，享有独立的法人地位；分公司则不具有独立的民事和商事主体资格，不具有法人资格。
母公司和子公司的关系有哪些？
1、控制关系：子公司虽然是独立的法人，可以在自身经营范围内从事各种经营活动，但自主性是有限的。母公司在子公司的股东会上发挥主导作用，子公司的经营方针与投资计划实际上都是母公司决定。
2、投资关系：母公司拥有子公司，除极少数通过协议控制外，基本通过投资实现。
3、财务关系：子公司是独立的法人，实行独立核算，母、子公司在财务上是相互独立的，子公司的财务状况和发展前景都会直接影响母公司的收益。
4、管理关系：虽然子公司是独立的法人，母公司与子公司名义上在生产和经营各方面享有自主的权利，但事实上存在管理与被管理的关系。通常，母公司除自身直接进行生产经营活动外，主要职责还是对所属子公司的领导和管理。
总分公司可以互相开票吗？
总分公司之间若发生真实的相关业务，是可以互相开具发票的。分公司开具发票必须取得营业执照，分公司在进行税务登记后，可以向税务局申领发票。如果分公司业务开具的是增值税发票，分为以下情况：分公司如果是一般纳税人，可以与总公司互相开具增值税专业发票；如果分公司是小规模纳税人，只能开具普通发票，而且总公司不能抵扣应缴税款，总公司也只能给分公司开具普通发票，分公司不存在抵扣问题。
总分公司间资金往来款的会计分录
1、总公司借款给分公司：
借：其他应收款——分公司
贷：银行存款
2、分公司从总公司借款：
借：银行存款
贷：其他应付款——总公司
3、分公司借款给总公司：
借：其他应收款——总公司
贷：银行存款
4、总公司从总分公司借款：
借：银行存款
贷：其他应付款——分公司
