当行政行为侵犯其合法权益时，企业本身自然具有原告资格，企业的法定代表人可以企业的名义向人民法院起诉。根据公司法律制度的规定，公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任。选项A中股东、独立董事不是企业法定代表人，不能以企业名义起诉。股份制企业的股东大会、股东代表大会、董事会等认为行政机关作出的行政行为侵犯企业经营自由权的，可以企业名义提起诉讼。