A: 国家机关应缴纳城镇土地使用税10000元
B: 国家机关应缴纳城镇土地使用税40000元
C: 工业企业应缴纳城镇土地使用税5250元
D: 工业企业应缴纳城镇土地使用税5000元
国家机关本身的办公用地和公务用地免征城镇土地使用税。对纳税单位无偿使用免税单位的土地，纳税单位应照章缴纳城镇土地使用税。因此，工业企业应缴纳城镇土地使用税=1000×10×6/12=5000（元），选项D正确。
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