行政复议决定既有维持原行政行为内容，又有改变原行政行为内容或者不予受理申请内容的，作出原行政行为的行政机关和复议机关为共同被告。本案中，区政府改变了没收违法所得，维持了停产停业和罚款，因此，区市场监督管理局和区政府是共同被告。选项 A 错误。复议机关作共同被告的案件，以作出原行政行为的行政机关确定案件的级别管辖。因此，应以区市场监督管理局确定级别管辖，由基层法院管辖。行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。因此，区市场监督管理局和区政府所在地的基层法院均有管辖权。选项 B 错误。行政机关依法作出金钱给付义务的行政决定，当事人逾期不履行的，行政机关可以依法加处罚款或者滞纳金。加处罚款或者滞纳金的标准应当告知当事人。加处罚款或者滞纳金的数额不得超出金钱给付义务的数额。选项 C 正确，选项 D 错误。