会计硕士和会计学硕士的区别主要在于两者性质的不同，会计硕士理论上指国内会计学科或专业的硕士，包括会计学硕士和会计专业硕士，目前我国国内所称呼的会计硕士多指会计专业硕士（专业代码：125300）。会计学硕士指隶属于管理学的学科硕士（专业代码：120201）。
除了性质的不同，会计学硕士与会计专业硕士之间在入学考试内容、录取流程、录取条件等方面都有一定的区别，以入学考试内容为例，会计硕士的初试科目一般包括《管理类综合能力》和《外国语》，复试考试由院校自主命题；会计学硕士的初试科目包括《思想政治理论》、《外国语》、《业务课一》、《业务课二》，复试考试也是由院校自主命题，部分院校甚至只接受推免生。
