否定意见审计报告的注意问题主要集中在与保留意见审计报告的区分上。尽管否定意见与保留意见审计报告的适用条件都涉及到重大不调整事项和违反一贯性原则等问题，但两者仍有本质上的区别。
保留意见审计报告适用于个别重要事项存在严重错误，违反一贯性原则，或者存在或有事项，且预期结果不能合理估计或不很严重，但会计报表总体上还能接受的情况；否定意见适用于较多的重要事项或特别重要的事项存在严重错误，违反一贯性原则，或存在或有事项，且预期结果能够合理估计并很严重，导致会计报表的严重歪曲，使会计报表总体上不能接受的情况。
