实行审计查处分离制度的依据有：
1、权力制衡的客观要求。审计机关拥有的行政执法权需要得到制约和监督，审计查处分离制度可以帮助审计机关内部以权力制约权力，加强内部监督；
2、符合现代行政程序的要求和发展趋势。职能分离制度的基本内核是为了加强行政机关内部的权力制约，防止行政执法人员以权谋私和滥用权力，体现了行政执法程序中调查权与决定权的分离；
3、符合《中华人民共和国行政处罚法》的规定。《行政处罚法》规定行政机关应当建立健全对行政处罚的监督制度，在规定行政处罚的听证程序和执行程序时也确立了职能分离制度。
