股票清算是将买卖股票的数量与金额分别给予抵销，然后通过证券交易所交割净差额股票或价款的一种程序。
上海证券交易所是“集中清算集中登记”模式，采用三级清算方式：一级清算是指由异地的资金集中清算中心与上海证券中央登记结算公司所进行的地区净额清算；二级清算是由各证券商同异地资金集中清算中心在当地进行净额清算；三级清算是指投资者与证券商之间进行的资金清算。
深圳证券交易所是“集中清算、分散登记”模式，采用二级清算方式：一级清算是在深圳登记公司和各地的证券商之间进行，期间需要各地登记机构作为中介；二级清算是在各证券商和委托其买卖的投资者之间进行。
