1990年时有两种税率，第一种是比例税率，大体有三种做法。一是纯比例税率，按应税牲畜头数及其金额依率计征，二是有起征点的比例税率，规定一个起征点，对超过起征点的，按金额依率计征；三是有免征额的比例税率，规定一个免征额，对扣除免征额的部分依率计征。第二种是定额税率，按牲畜种类规定固定的征收额，如宁夏规定，每只绵羊每年征税0.4元，每只山羊每年征税0.2元等。
由于中国征收牧业税的地区大多为少数民族聚居的边远地区，地域辽阔，加上地势、气候、水、草原等自然条件和风俗习惯等的差异，中央对牧业税只作政策性指导，没有制定具体的征税办法。具体的征税办法是由有关的省、自治区结合本地区的实际情况制定的。
