财务询证函作用在于确认双方之间的债权债务，当债务人对债权人的债权未提出任何异议，并进行了确认，却以债权超过时效为由拒绝履行债务，导致审计的结果不能保证真实客观，询证函将无法起到对应收账款进行确认的作用。
财务询证函反映的是内部财务管理的意思，只服务于财务报表，是一个公司内部管理的材料，并不是公司对外的意思表示。财务询证函对外指向固定内容，是限制意思的表达。通常财务询证函确认后会加盖公司印章或财务章，但这也只说明企业对于对方财务报表上的“预付账款”这个科目予以确认，并不能说明双方之间存在债权债务关系达成了一致的意思，对外而言主要作为双方存在经济往来的审计证据。
