硕士企业管理与会计学专业的区别主要在于性质上的不同，硕士企业管理也称为企业管理硕士，是属于工商管理专业其中一个研究方向的学位项目，会计学专业则单指我国管理类专业中的一个学科专业，在会计学硕士项目毕业的人员可以取得会计学硕士学位。
其中企业管理硕士这一学位的设立目的在于培养能够掌握现代工商管理的理论、方法和技能，熟悉国内外工商管理的历史、现状和最新动态，能借助所学知识分析解决企业管理实践问题的高级人才。会计学硕士这一学位设立的目的在于培养具有扎实的经济学、管理学和会计学理论基础和系统专业知识并掌握会计学及财务管理专业技能的高级专业人才。
