在职硕士会计学和经济学的区别在于两者性质的不同，在职硕士会计学也称为以非全日制的方式所取得的会计学硕士，实质上是我国院校根据会计学这一学科所设立的学位。经济学泛指一个专业范围，该专业以理论经济学为主，兼有应用经济学的属性，同时也具备较强的应用性与实践性。
会计学与经济学作为两个不同的范畴，其在人才培养方面的目标也不同，会计学的设立目的在于培养具有扎实的经济学、管理学和会计学理论基础和系统专业知识并掌握会计学及财务管理专业技能的高级专业人才。经济学的设立目的在于培养具有扎实的专业基础知识和基本理论，以及有国际视野和创新创业能力的高素质经济学专门人才。
