国企和事业单位财务管理上区别是基本内容不同、基本准则不同及适用的会计制度不同等。
国企财务管理的基本内容有固定资金管理体制，流动资金管理体制，收益分配体制；事业单位财务管理的基本内容有单位预算管理，收入管理，支出管理，资产管理，负债管理和专用基金管理。
国企财务管理基本准则为“统一领导，独立经营”，这是处理国家和国有企业财政关系的基本原则；事业单位财务管理的基本准则为执行国家有关法律、法规和财务规章制度，坚持勤俭办事业的方针以及正确处理事业发展需要和资金供应的关系。
事业单位财务管理用的是事业单位会计准则，而国企财务管理执行的是企业会计制度，其他的会计制度包括《小企业会计制度》等。
