注册会计师必须对与财务报表审计有关的所有重大事项独立作出职业判断，而不应完全依赖内部审计工作。通常，审计过程中涉及的职业判断，如重大错报风险的评估 、重要性水平的确定（选项Ａ)、 样本规模的确定 （选项Ｄ)、 对会计政策和会计估计的评估等，均应当由注册会计师负责执行。

选项B，企业层面的控制通常为应对企业财务报表整体层面的风险而设计。针对管理层和治理层凌驾于控制之上的风险而设计的控制也属于企业层面控制的内容之一，涉及特别风险，需要注册会计师作出独立判断，应当由注册会计师负责执行。不选。

选项C，是否实施穿行测试，由注册会计师自己来决定，实施穿行测试的结果，由注册会计师作出独立判断。具体怎么实施，可以利用内审的工作或提供直接协助。如注册会计师设定好程序步骤等，由内审人员负责实施执行。当选。