内部审计控制的主要作用是对单位内部的各种经济活动、管理制度是否合规、合理及有效进行独立的评价，以确定既定的政策和程序是否贯彻、建立的标准是否遵循、资源的利用是否合理有效，以及单位的目标是否达到等。
内部审计控制是指由单位内部审计部门所进行的控制，它是内部控制的一个组成部分。
内部审计控制的关键点在于保持审计的独立性；保持审计监督的及时性，与外部审计控制形成互补之势；加强对子公司和下属部门的审计监督。
1、内部审计和内部控制的目的统一
内部审计和内部控制都是为了保证公司财务信息正确完整，增加公司管理的经济型、效益性和效率性。
2、内部审计和内部控制相互需要
内部审计需要内部控制，没有健全的内部控制制度作基础，不仅会加重内部审计工作量，而且会加大内部审计的风险，甚至可能无法开展审计工作；同理，内部控制需要内部审计，没有内部审计对内部控制设计的健全程度和运行的有效程度的检查评审和进一步完善强化内部控制的建议，内部控制也只能原地踏步，甚至形同虚设，或因内部控制的局限性，给不法之徒以可乘之机，造成内部控制失控。
3、内部审计和内部控制互相促进
内部控制是内部审计的审计对象之一，内部审计的结果，需要得到公司管理的改进并反馈，这种改进往往在内部控制措施上得到体现。
