程序检查法的主要应用包括通用审计程序和专用审计程序两个方面，具体解释如下：
通用审计程序是指通过研究不同类型审计项目的特点而总结出来的适合各类审计项目的基本审计程序，如果审计人员按照基本审计程序来实施审计，则可以满足基本的审计目标。
通用审计程序，特别是通用审计程序平台的使用，能够给审计组织和审计人员带来巨大的利益。其优点主要有四个方面：
一是规范作业程序，控制审计质量；
二是有利于数据交换，提高工作效率；
三是有利于审计人员的学习和培训；
四是有利于提高审计人员的适应性。
专用审计程序亦即专用审计软件，是指专门为某些特殊问题而编制的检查程序。这种程序编出后，需要经过调试，只有经运行无误后才能投入使用。专用审计程序一般由审计人员结合审查专题的特点及涉及的文件记录自行编制，也可以由被审计单位的计算机软件人员或专业程序设计人员编制，还可以从计算机分时系统中取得。
使用专用审计程序进行检查，既能提高工作效率，又能克服某些通用审计程序不能与被审计单位的计算机兼容的缺陷，因而具有一定的优越性。但如果专用程序由审计人员自行编制，则要求掌握较多的计算机设计知识，且编制和调试程序会延长审计所需时间，加大审计成本。
程序检查法是指模拟手工查账的做法编制各种程序来指挥计算机检查电算系统中各项会计数据的方法。
