首先由两家公司分别预扣预缴个税，两家公司再分别按照在各自公司取得的税前收入申报个税，单独应预扣预缴的个税。对于个人取得的工资薪金所得，按现行税法规定应由任职受雇单位按月预扣预缴，适用累计预扣预缴方法，年终并入综合所得进行汇算清缴。
扣除情况包括基础费用扣除、专项扣除、专项附加扣除、汇缴清算扣除：
基础费用扣除的方法
基础费用扣除（每月5000元），在预缴阶段两家公司可以在一家公司扣除，也可以同时享受扣除，但是综合所得基本费用扣除为6万/年，预缴个税时，但不能重复扣除，若是重复扣除就需要补税。
专项扣除的方法
专项扣除（三险一金）以及专项附加扣除只能选择在其中一家公司扣除。
根据人力资源和社会保障部文件规定，个人不得同时在两个单位缴纳社保。在符合规定的情况下，一人可以同时与廉江市签订合同，但是只能选择一处缴纳社保。一般情况下，如果个人同时签订两处或两处以上劳动合同，多属于非全日制用工或其中一家公司属于全日制用工，其他家为非全日制用工。全日制用工劳动合同，需要为员工缴纳社保。所以三险一金由实际缴纳的公司税前扣除。
专项附加扣除的方法
专项附加扣除有六项，但在预缴个税时可以享受的仅有五项（继续教育、子女教育、赡养老人、住房贷款或住房租金），大病医疗专项附加扣除仅在汇算清缴时可以享受。专项附加扣除只能选择在其中一家公司预缴计算个税时税前扣除或等到汇算清缴时再享受税前扣除，不得享受重复扣除。
汇算清缴的方法
个人在两家公司领取工资，综合所得收入额扣除专项扣除的余额超过6万元的，一定要在次年进行汇算清缴。
汇算清缴的计算公式为：
汇算清缴应退或应补税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数-已预缴税额
应纳税所得额=综合所得收入额-6万-三险一金等专项扣除-专项附加扣除-依法确认的其他扣除
综合所得收入额=工资薪金所得合计+劳务报酬所得×80%+特许权使用费×80%+稿酬所得×80%×70%。
