主营业务成本和应付账款的区别在于:主营业务成本是指企业销售商品、提供劳务等经常性活动所发生的成本。主营业务成本属于损益类科目,企业一般在确认销售商品、提供劳务等主营业务收入时,或在月末,将已销售商品、已提供劳务的成本转入主营业务成本。而应付账款是负债类科目,用以核算企业因购买材料、商品和接受劳务供应等经营活动应支付的款项。通常是指因购买材料、商品或接受劳务供应等而发生的债务,这是买卖双方在购销活动中由于取得物资与支付货款在时间上不一致而产生的负债。