企业经济效益审计主要包括准备、实施和结束三个阶段。

　　其中，企业经济效益审计在准备阶段要搜集更为全面的内容，以及需要编制更具体和细致的审计计划及其实施方案；企业经济效益审计在实施审计工作前，要给被审计单位下达审计通知书，且企业经济效益审计报告采取详式报告，审计报告所反映的内容与其他审计有较大的区别。审计报告中要对被审计单位的经济效益状况进行系统分析，指出制约经济效益提高的因素，提出具体的建议和措施。