非营利组织财务分析的方法有：1、预算管理，主要是通过单位预算的编制、审批和执行，对非营利组织的各项财务收支计划所进行的管理；2、收入管理，主要是对非营利组织的收入项目、范围、标准和收益分配等所进行的管理；3、支出管理，主要是对非营利组织的支出项目、范围、标准等所进行的管理；4、定员定额管理，主要是通过非营利组织的人员编制和支出定额的制定、执行和检查，对其人员配置、支出的分配和使用所进行的管理；5、结余及其分配管理，主要是对非营利组织的收支结余及其分配、使用所进行的管理；6、专用基金管理，主要是对专用基金的提取和使用所进行的管理。