专项审计报告应包括以下主要内容：
1、说明部分
说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；说明会计责任、审计责任、审计依据。
2、企业及项目基本情况
企业基本情况，包括：公司名称、注册日期、营业执照颁发机构、注册号码、注册资本，法定代表人、公司住所，经营范围以及简述项目情况。
3、基金项目合同及相关规定
项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式；项目投资总额；创新基金用途；项目合同规定的各项经济指标情况。
4、合同执行期间项目各项经济指标完成情况
资金到位情况；资金支出情况；项目各项经济指标完成情况。
5、报告附注
会计政策注释；企业适用税种及税率；主要财务指标注释。
