【解析】

选项A，注册会计师是对财务报告内部控制的有效性直接发表审计意见，并非是对企业内部控制评价报告发表审计意见。选项A错误。

选项B，注册会计师对特定基准日内部控制的有效性发表意见，并不意味着注册会计师只测试基准日这一天的内部控制，而是需要考察足够长一段时间内部控制设计和运行的情况。选项B错误。

选项C,注册会计师应当对财务报告内部控制的有效性发表审计意见，注册会计师不对非财务报告内部控制发表意见或提供保证，选项C正确。

选项D,当注册会计师确定该项非财务报告内部控制缺陷为重大缺陷时，应当在内部控制审计报告中增加非财务报告内部控制重大缺陷描述段，对重大缺陷的性质及其对实现相关控制目标的影响程度进行披露，选项D正确。