增值税申报表的销售收入是应税销售收入和免税销售收入及以免抵退销售收入，而利润表上是主营业务收入和其他业务收入，所得税表上是营业收入，三者金额不同是很正常的。
1.增值税申报表与企业所得税申报表的收入可能不一致
它有以下两个因素造成：
A.两项收入各自包涵的项目内容差异：
我们先来了解企业所得税报表中的营业收入是由哪些内容构成。企业所得税申报表《收入明细表》附表一中包括以下项目：
a.销售(营业)收入合计：
⑴销售货物;⑵提供劳务;⑶让渡资产使用权;⑷建造合同;⑸材料销售收入;⑹代购代销手续费收入;⑺包装物出租收入;⑻其他。
b.视同销售：
⑴非货币性交易视同销售收入;⑵货物、财产、劳务视同销售收入。
由此可见，如企业为增值税一般纳税人，销售货物和提供增值税应劳务，纳税义务时间与会计确认收入相一致，同时又发生让渡资产使用权等业务，显然会产生同期企业所得税申报表主营业务收入大于增值税申报表中的销售货物和提供应税劳务金额。这就是说主营业务收入中即有增值税应税收入，又有营业税应税收入时，两报表一定存在不一致情形。
B、两者对同一销售对象确认收入口径不同而产生差异。
对于仅发生增值税应税业务的企业，也会存在两表收入(仅以销售商品收入为例)不同情形。这是因为在确认收入时，企业所得税规定与会计核算基本相同，较注重商品风险转移、商品管理权等。企业所得税中的确认收入是根据《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》(国税函〔2008〕875号)文件规定：除企业所得税法及实施条例另有规定外，企业销售收入的确认，必须遵循权责发生制原则和实质重于形式原则。
2.增值税申报表与会计报表的收入可能不一致
(1)若企业发生正常固定资产清理、提前收房租并开具发票，可能使增值税申报表与会计报表收入不一致。 (2)按照国家统一的会计制度确认收入或利得的时点早于按照增值税制度确认增值税纳税义务发生时点的、按照增值税制度确认增值税纳税义务发生时点早于按照国家统一的会计制度确认收入或利得的时点的两种情况下的账务处理，会造成两者的收入不一致。
3.会计报表与企业所得税申报表的收入可能不一致
(1)涉及到跨期收取的租金、利息和特许权使用费收入时，会计上按权责发生制确认收入，企业所得税法实施条例第十八、十九、二十条要求按“应付”日期确认收入，两者存在差异。 (2)有关政府补助递延收入、政策性搬迁的业务处理时，会导致会计报表与企业所得税申报表中的收入不一致。
4.年度会计报表利润与年度企业所得税申报表应纳税额所得额一般情况下不一致
因为企业所得税申报表应纳税额所得额是在年度会计报表利润的基础上纳税调整的。
