免税合并和应税合并的区别在于：免税合并下，税法不承认公允价值，免税合并下资产或负债的计税基础就是原账面价值，而取得资产或负债的入帐价值是其公允价值时，对于二者的差异，要确认递延所得税；应税合并下，税法认可其公允价值，资产或负债的计税基础就是公允价值，不确认递延所得税。
什么是免税合并
免税合并，即被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。应税合并下被合并方需要计算缴纳所得税。
什么是应税合并
应税合并是指通常情况下，被合并企业应视为按公允价值转让、处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税，合并企业接受被合并企业的有关资产计税时可以按经评估确认的价值确定计税基础。
免税合并形成的商誉所得税问题
税法不认可免税合并产生的商誉，即商誉计税基础为0，商誉账面价值则形成应纳税暂时性差异，但会计上不确认递延所得税负债。原因有二：
第一，若确认，则产生新的递延所得税负债，进而改变商誉账面价值的计算结果（增加）商誉账面价值增加后，又产生递延所得税负债，从而二者无限循环；
第二，由于确认递延所得税负债，导致商誉账面价值增加，影响会计信息的可靠性。
免税合并的所得税处理
被合并方可以不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。被合并方的全部纳税事项由合并方承担，以前年度未超过法定弥补期限的亏损，可由合并方用以后年度实现的与被合并方资产相关的所得弥补。合并方接受被合并方全部资产的计税成本，须以被合并方原账面净值为基础确定。
