个税综合所得退税的计算方法为:应纳税额=(累计预扣预缴应纳税所得额×预扣率-速算扣除数)-累计减免税额-累计已预扣预缴税额。若在个税年度汇算清缴申报时,公式中的应纳税额小于0的,则纳税人应当按照指引对小于0的部分向主管税务机关提交退税申请;公式中的应纳税额大于0的,则纳税人应当按照指引对大于0的部分向主管税务机关补缴税额;公式中的应纳税额等于0的,纳税人在确认数据计算无误后可以直接提交年度汇算清缴申报。