会计集中核算制存在的问题包括：
1、会计监督工作开展的范围不够健全：在会计集中制的核算形式下，会计人员脱离了各委派单位的实际业务开展工作，从而导致会计监督的工作难以落实到位。
2、无法完全杜绝财政支出的问题：会计集中核算制对单位经济业务缺乏全面性的了解，从而导致单位财政支出的问题无法被有效地进行研究分析。
3、专业的核算工作人员数量较少且核算工作量大：会计集中核算制要求单位调动一定数量的工作人员开展核算工作，且工作内容较多，容易导致单位人手难以胜任情况的出现。
4、核算制度的内容落后于业务发展的趋势：会计集中核算制的设立时间较短，因此其各项规章制度还不能完全适应不断发展的业务需求。
