合伙企业应当按《中华人民共和国个人所得税法》中的经营所得一项缴纳个人所得税。经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率，其应纳税所得额为每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额。
合伙企业取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。
其中，经营所得包括个体工商户从事生产、经营活动取得的所得，个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得。
