专项应付款在会计实务中指的是“专项应付款”会计科目，属于“非流动负债”科目，是企业接受国家拨入的具有专门用途的款项所形成的不需要以资产或增加其他负债偿还的负债，如新产品试制费拨款、中间试验费拨款和重要科学研究补助费拨款等。
因专项应付款是不需要企业以资产或增加其他负债偿还的负债，故在后期核销时，直接冲减该款项即可。不需要上缴的原拨款部门的款项应转为企业的资本公积。
1、专项应付款科目核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项。
2、专项应付款科目可按资本性投资项目进行明细核算。
专项应付款借贷方向为，借记“专项应付款”科目，表示支付各项应付、暂收款；贷记“专项应付款”科目，表示专项应付款或专项暂收款的发生。贷方余额为专项应付款实有数。
企业收到或应收的资本性拨款，借记“银行存款”等科目，贷记“专项应付款”科目。将专项或特定用途的拨款用于工程项目，借记“在建工程”等科目，贷记“银行存款”、“应付职工薪酬”等科目。
工程项目完工形成长期资产的部分，借记本科目，贷记“资本公积——资本溢价”科目；对未形成长期资产需要核销的部分，借记本科目，贷记“在建工程”等科目；拨款结余需要返还的，借记“专项应付款”科目，贷记“银行存款”科目。
上述资本溢价转增实收资本或股本，借记“资本公积——资本溢价或股本溢价”科目，贷记“实收资本”或“股本”科目。
