专项应付款属于“非流动负债”科目，借贷方向为借方表示支付各项应付、暂收款；贷方表示专项应付款或专项暂收款的发生。贷方余额为专项应付款实有数。
专项应付款是企业接受国家拨入的具有专门用途的款项所形成的不需要以资产或增加其他负债偿还的负债，如新产品试制费拨款、中间试验费拨款和重要科学研究补助费拨款等。因为专项应付款是不需要企业以资产或增加其他负债偿还的负债，所以在后期核销时，直接冲减该款项即可。不需要上缴的原拨款部门的款项应转为企业的资本公积。
专项应付款科目核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项，该科目可按资本性投资项目进行明细核算。
专项应付款会计分录主要涉及专项应付款日常核算和搬迁补偿会计核算两种情况，具体如下：
专项应付款日常核算
1、实际收到专项拨款时：
借：银行存款
贷：专项应付款——某某项目
2、拨款使用时：
借：在建工程
贷：库存现金/银行存款/应付账款
3、项目完成后，形成资产部分：
借：固定资产/无形资产
贷：在建工程——某某项目
同时：
借：专项应付款——某某项目
贷：资本公积——拨款转入
4、未形成资产需核销的部分，报经批准后：
借：专项应付款——某某项目
贷：管理费用
5、拨款项目完成后，如有拨款结余需上交的：
借：专项应付款——某某项目
贷：银行存款
搬迁补偿会计核算
1、收到款项：
借：银行存款
贷：专项应付款
2、对于属于补偿搬迁过程中发生的费用性支出，按照拆迁产生的相关费用金额：
借：专项应付款
贷：递延收益
3、作为与收益相关的政府补助计入营业外收入：
借：递延收益
贷：营业外收入
3、在企业完成拆迁之后，取得的搬迁补偿款扣除转入递延收益的金额后如有结余的，应当作为资本公积处理：
借：专项应付款
贷：资本公积
