出口收汇核销单的注意事项包括核销单报关后收回时，应先仔细核对出口收汇核销单一式三联是否齐全，出口退税联是否加盖海关验讫章，是否在“核销单登记表”上注明收回日期。确认核销单后，需要登录中国电子口岸“出口收汇”子系统交单以核销使用、“出口退税”子系统报送以退税使用，并在“核销单登记表”上注明交单和报送日期。
2012年，国家外汇管理局、海关总署和国家税务总局联合颁布《关于货物贸易外汇管理制度改革的公告》（国家外汇管理局公告2012年第1号），决定自2012年8月1日起报关出口的货物，企业申报出口退税时不再提供出口收汇核销单。
